Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ được Đức Chí Tôn lập thành vào năm Bính Dần 1926 tại Nam Việt. Trong tình cảnh đất Việt khi đó bị chia cắt làm ba kỳ, miền Trung vẫn thuộc quyền cai trị trực tiếp của Vương triều nhà Nguyễn với quan điểm “Cao Đài bất đắc truyền bá Trung kỳ”. Tuy nhiên, với sự khao khát phổ truyền ánh sáng cứu độ của Đại ân xá kỳ ba đến với đồng bào quê nhà, những đạo hữu Cao Đài đầu tiên có nguyên quán Trung kỳ vẫn đã âm thầm tìm cách mang mối Đạo Trời về quê hương.

Là một trong hai nhánh Gồm nhánh ở Quảng Nam sau trở thành Hội Thánh Truyền Giáo và nhánh Bình Định sau trở thành Hội Thánh Trung Việt Tam Quan. sớm đưa Đạo Cao Đài về miền Trung Việt, nhánh Bình Định đã khởi đầu phát triển sang các tỉnh Quảng Ngải, Phú Yên, Khánh Hòa. Năm 1930, chư vị hướng đạo ở Thánh thất Cầu Kho – Sài Gòn đã gởi về Bình Định 500 bức Thiên Nhãn đầu tiên để giúp cho đạo hữu có phương tiện thờ kính Đức Cao Đài.

Ngày rằm tháng 2 Mậu Thìn (1938), Thánh thất đầu tiên ở miền Trung ra mắt nhơn sanh đã được tổ chức tại Tam Quan - Bình Định Nguyên là ngôi chùa Phật của Đạo huynh Phan Bồi hiến cúng.. Đó là ngày Hoát Khai Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ về Trung Việt, lúc bấy giờ đông đảo đạo hữu của 6 tỉnh miền Trung đã về tham dự. Thánh thất đã được công khai và vị Chánh Hội Trưởng đầu tiên do đạo huynh Phan Nghị Trong Đại Lễ An Thiên ra mắt Hội Thánh 1960, ông Phan Nghị được Đức Lý Giáo Tông phong Thượng Đẳng Thần:
Phan Nghị đã bao phen công khó,
Nhưng cõi lòng điều độ sơ khai;
Nay đây Sắc Chỉ Cao Đài,
Oai Linh Thần Vị ra tài hộ an.đảm nhiệm. Sau năm nầy, tại các tỉnh đã nêu trên cũng lần lượt công khai hoá 18 Thánh Thất với số lượng đạo hữu lên đến 58.000 người.

Thời kỳ tiếp theo, dưới sự kiểm soát gắt gao của hệ thống quan lại nhà cầm quyền phong kiến triều Nguyễn, nhiều vị hướng đạo bị bắt lưu đày. Đặc biệt một số đồng đạo đã thọ tử vì pháp nạn trong những năm 1945-1946! Tuy phải trải qua những thử thách ác liệt của cơ đời tạo ra những mất mát đau thương cùng với những đồng đạo ở nhánh Truyền Giáo Trung Việt nhưng cơ Đạo miền Trung vẫn âm thầm tồn tại.
Vào thời gian này đã có một số người gốc ở Bình Định như gia đình của các ông Huỳnh Đích, Nguyễn Hoanh, Trần Khả, Nguyễn Phụng, Đinh Mùi, v.v… đã vào Sài Gòn mưu sinh từ lâu Qua tiếp xúc trực tiếp cho thấy giọng nói của phần lớn của chư vị không nặng, khó nghe như của người Bình Định chánh gốc., tụ họp sinh hoạt đạo với nhau tại những Thiên Bàn được lập nên ở tư gia những đạo hữu này. Sinh hoạt tôn giáo này đã gây sự chú ý và cuốn hút một số đồng đạo cư ngụ ở khu Tân Định Đường Trần Quang Khải, chỉ một đoạn dài khoảng 300m đã có đến 4 ngôi đình.thuộc quận Nhứt Sài Gòn cùng tham gia. Sau mấy lần vì thời cuộc phải thay đổi vị trí đặt Thiên bàn, quý vị đã hùn tiền với nhau sang một nền đất và căn nhà sàn bên bờ kênh Nhiêu Lộc ở cuối đường Jacques Joubert (nay là đường Trần Khánh Dư) lập nên Thánh thất Tân Định vào cuối năm 1949.

Sau đó nhờ sự nhiệt tình giúp đở của quý vị như Huệ Đức - Nguyễn Văn Phùng và Phan Trường Mạnh ở Nam Thành Thánh thất và tổ chức vận động Cao Đài Thống Nhất ở Tam Giáo Điện thuộc Chi Minh Tân bên quận tư, cơ Đạo ở Thánh thất Tân Định đã có điều kiện để từng bước phát triển và trở thành Đạo Quán Trung Việt Theo Giấy mời dự Lễ Khánh Thành Tt Tân Định tháng 3 Bính Thân (1956) . Đạo Quán trở thành cầu nối cho các đạo hữu Cao Đài miền Trung nhánh Bình Định mỗi khi vào ra Sài Gòn.

Trong khi đó, sau hiệp định Genève 1954 người Pháp rút lui về nước, hòa bình được lập lại nên sinh hoạt đạo cũng hồi phục. Năm 1955, nhà của đạo huynh Nguyễn Nghề Sau khi lập Hội Thánh, năm 1969 đạo huynh Nguyễn Nghề được Thiên phong Thái Lễ Sanh. được mượn để lập Thánh thất Trung Ương.
Tại nơi đây, "Thánh lịnh Tạo tác Hội Thánh Trung Ương Trung Việt Tam Quan" của Đức Chí Tôn đã được ban ra vào ngày mồng một tháng tư năm Bính Thân 1956. Sau đó bỗn đạo miền Trung đã mua khoảnh đất một mẫu ta của Ông Hoàng Đôn Để Giấy bán đoạn đất ngày 15.4.1956 và Tỉnh trưởng Bình Định cấp giấy phép xây dựng ngày (21.9.1956) toạ lạc tại Tam Quan - Bình Định để tiến hành việc xây cất Thánh điện Trung Ương Hội Thánh như lời dạy:

Nơi Trung Ương đành rành Trời định,
Hội Thánh truyền lãnh lịnh sắc ban;
Đua nhau trỗi bước lên đàng,
Noi theo đuốc tuệ xóa tan mê đồ.

Cũng trong đàn cơ dạy việc tạo tác, Đức Chí Tôn còn ban cho Hội Thánh câu liễn định hướng treo trước ngoại môn:

Bắc vãng Nam lai Đại Đạo Tam Kỳ quy vạn chủng,
Tây tiền Đông hậu cơ đồ nhất thống vĩnh thiên thu.

Ngay từ lúc mới thành lập, những năm đầu thập niên 50 của thế kỷ trước, Thánh thất Tân Định đã thường xuyên tham dự các sinh hoạt ủng hộ việc vận động thống nhất nhà Đạo cùng với Cơ Quan Cao Đài Quy Nhứt ở Tam Giáo Điện Minh Tân (bến Vân Đồn quận Tư) do ông Nguyễn Bửu Tài thuộc Hội Thánh Tiên Thiên và ông Nguyễn Văn Phùng ở Nam Thành Thánh thất làm Chưởng Quản. Tờ biên bản buổi họp đầu tiên của Cơ Quan này vào cuối năm 1952 có ghi nhận sự hiện diện của ông Đoàn Văn Ngôi, một đạo hữu tại Sài Gòn, đại diện Thánh thất Tân Định. Về sau, vào đầu thập niên 60 ông đã trở thành Đầu Họ Đạo của Thánh thất, sau đó được Thiên phong phẫm Giáo Sư – Thái Ngôi Thanh vào năm 1969.

Theo Biên Bản Phiên Nhóm Sơ Bộ Thành Lập Ban Trị Sự Sài Gòn của Cao Đài Thống Nhất, ngày 09 tháng 8 dương lịch năm 1957, có ghi nhận sự hiện diện cùng lúc của Đại diện Hội Thánh Tam Quan và ông Lê Đại Luân - Quyền Đầu Họ của Thánh thất Tân Định.
Biên bản Nhóm Liên Hoan các chi phái ngày 20 tháng 4 Mậu Tuất (1958) cũng ghi sự nhận hiện diện của 3 vị đại diện Hội Thánh Tam Quan.

Qua các tài liệu trên đã cho thấy vai trò quan trọng của Thánh thất Tân Định ở vị trí làm cầu nối cho nhánh Cao Đài Tam Quan – Bình Định với Nam Thành Thánh thất (là Thánh thất Cầu Kho tái lập) và tổ chức Cơ Quan Cao Đài Thống Nhất. Qua đây, cũng cho thấy tinh thần của Hội Thánh Tam Quan lúc bấy giờ cũng đã rất tha thiết với tư tưởng vận động thống nhất nhà Đạo.

Thời gian này, Cơ Quan Cao Đài Thống Nhất có giới thiệu 2 Thánh thất Sông Vệ và Nghĩa Trung Hưng ở tỉnh Quảng Ngải cùng tham gia sinh hoạt đạo sự chung với Hội Thánh Tam Quan. Năm 1960, Thánh thất Vệ Long Trung được phát triển ra thêm từ Thánh thất Sông Vệ.

Tháng 3 năm Canh Tý (1960) sau khi hoàn thành việc xây cất Thánh Điện Trung Ương, Hội Thánh Tam Quan long trọng mở Đại Hội An Thiên chánh thức làm Lễ ra mắt Hội Thánh Trung Ương Trung Việt Tam Quan. Trong các phái đoàn về dự lễ khi đó có quý chức sắc của Giáo Hội Cao Đài Thống Nhất do ông Huỳnh Đức - Thượng Đầu Sư Tiên Thiên Là kỷ sư Phan Khắc Sửu từng được độ dẫn nhập môn Cao Đài bởi quý Ngài Thiện Pháp Nguyễn Bửu Tài và Huệ Lương Trần Văn Quế, … khi ở tù chung xà lim ngoài Côn Đảo (1945) với quý ông Tôn Đức Thắng, Phạm Hùng … dẫn đầu thực hiện việc thuyết đạo cùng quý vị Cao Đài Giáo Lý Viện ở Nam Thành Thánh thất như quý ông Nguyễn Văn Phùng và Phan Trường Mạnh.

Kỳ Đại Hội An Thiên này, Đức Lý Giáo Tông đã vâng lệnh Thầy phong sắc cho các Tông đồ Tử Đạo gồm 6 vị ở hàng Thánh Vị, 16 vị ở hàng Thượng Đẳng Thần, 12 vị Trung Đẳng Thần và rất nhiều vị thuộc Hạ Đẳng Thần. Ở hàng Thánh có ông Giáo Hữu Huỳnh Đích, Đầu Họ Đạo đầu tiên của Thánh thất Tân Định đắc vị Đại Thánh với đạo danh Oai Linh Chí Thánh Huỳnh Đích đã lo lường từ thử,
Trọn đức tin giải nợ trần gian;
Chiếu truyền sắc chỉ ân ban,
Oai Linh Chí Thánh hộ đàn Đông Phương.
. Ngày Rằm tháng 10 Năm Đại Đạo 37 (1962), Đức Oai Linh hân hạnh được ban ân góp phần tả kinh Tam Thừa Chơn Giáo qua bài Lập Thân Hành Đạo nơi phẫm Trung Thừa.

Sau Đại Lễ ra mắt, Hội Thánh có gặp nhiều khó khăn khi còn tồn đọng một khoản nợ lớn và bị người kinh doanh vật liệu xây dựng đòi rất rát. Mặc dầu khi đó vẫn đang là một Thánh sở độc lập không theo chi phái nào nhưng một số đạo hữu nơi Thánh thất Tân Định đã đáp ứng lời kêu gọi giúp đở, công quả cho mượn một khoản tiền giúp Hội Thánh thoát qua tình cảnh éo le, tránh tai tiếng cho Đạo. Qua đó mối quan hệ giữa Thánh thất và Hội Thánh Tam Quan ngày càng thêm khắn khít.

Vào cuối thập niên 60, Ơn Trên truy phong Đầu Sư ba phái cho các vị Nguyễn Văn Phùng, Phan Trường Mạnh và Lê Đại Luân. Ân phong Hiến Đạo Huệ Năng, Hiến Pháp Huệ Hạnh, Hiến Thế Huệ Thành, Huệ Hiển Truyền Trạng, Huệ Trí Sĩ Tải, nhiều vị Phối Sư và Giáo Sư, v.v... Dựa theo nội dung bản Thánh giáo 1969 của Hội Thánh Trung Việt Tam Quan.
Hội Thánh Trung Ương Trung Việt Tam Quan được hình thành, đánh dấu việc hoàn tất Thiên cơ của quá trình hình thành các chi phái trong Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ như lời dạy của Đức Lý Giáo Tông vào năm 1958:

“Mười hai năm khai đạo, mươi hai năm kế giáo đạo, mười hai năm sau thành đạo trong tam thập lục niên sở định.” Nam Thành Thánh Thất, Tý Thời đêm 23 tháng 8 năm Mậu Tuất (1958)

Sau khi chánh thức ra mắt nhân sanh, Hội Thánh đã phối hợp với Giáo Hội Cao Đài Thống Nhất ở Sài Gòn ấn hành Kinh Tam Thừa Chơn Giáo, bước đầu với hai quyển Tiểu Thừa và Trung Thừa Cùng được Đạo Trưởng Huệ Lương Trần Văn Quế - Chủ Trưởng Hội Thánh Truyền Giáo Cao Đài viết Lời Tựa.. Đây là những kinh sách rất hữu ích cho việc tu học hành đạo của tín đồ Đại Đạo cùng thực hành nhiệm vụ sứ mạng Đại Đạo cho hàng chức sắc.

Đặc biệt trong phẩm Tiểu Thừa có bài “Minh Trai Cơ Pháp” của Đức Vô Cực Từ Tôn giải thích các bậc ăn chay theo chánh pháp Cao Đài. Đây là một chứng cứ quan trọng để tương lai tiến đến việc thống nhất tinh thần nhà Đạo về một trọng điểm giáo lý thời Tam Kỳ Phổ Độ:

“Cao Đài Giáo đề chương sang tập,
Dạy các con từ thấp lên cao;
"Lục Trai" sơ độ bước vào,
Từ nay con chớ lãng sao tấc lòng.
Rồi "Thập Trai" mới mong trực tiếp.
Trước cửa Trời chuyển hiệp chánh tông;
"Thập Lục" hành Đạo lập công,
"Trường Trai", "giới sát" vào dòng điểm đơn.”

Hội Thánh Tam Quan, qua những hoạt động đạo sự với Cao Đài Thống Nhất đã có những mối liên hệ với Ban Phổ Thông Giáo Lý Liên Quan Hành Đạo. Từ khi Ban này chuyển mình phát triển độc lập trở thành Cơ Quan Phổ Thông Giáo Lý theo lệnh dạy của Ơn Trên, mối quan hệ với Hội Thánh Tam Quan vẫn được duy trì và phát triển. Khi chiến tranh phát triển trở lại ở miền Trung từ năm 1964, qua ban Hiệp Thiên Đài của Cơ Quan Thiêng Liêng đã nhiều lần ban lời hướng dẫn Hội Thánh:

Khuyên nên giữ vững lập trường,
Đạo tâm cố gắng vẹn đường tu thân.(…)
Chí cương quyết tảo tần vì đạo,
Gương hy sinh tiết tháo muôn đời;
Anh linh Thánh tử còn roi,
Kẻ sau kịp bước thỏa người hy sinh.(...)
Khuyên tất cả trọn lành tu niệm,
Cho qua hồi biến chuyển gian nguy;
Thiêng Liêng ban bố hộ trì,
Tam Quan Hội Thánh gặp kỳ an ninh.(…)
Trên Thượng Đế từ bi dẫn độ,
Dưới gắng công giám hộ đỡ nâng;
Từ trong Hội Thánh xa gần,
Một lòng vững bước đến chân Cao Đài. Vạn Quốc Tự, 20 tháng 11 Ất Tỵ (12-12-1965)

Do Tam Quan ở trong vùng chiến tranh ác liệt, nên Hội Thánh phải lập Văn Phòng Đại Diện ở tỉnh lỵ Qui Nhơn để dễ liên lạc với các nơi. Năm 1969, khi ra mắt Văn Phòng này, trong bài thuyết trình về Cơ Đạo Miền Trung, tác giả Đồng tử Huệ Linh Tâm có trình bày: “… mới đây trong đợt phái đoàn Cơ Quan Phổ Thông Giáo Lý Cao Đài Việt Nam đi viếng đạo miền Trung … đã trực tiếp giúp cho 30.000 đồng …” Trang 13 của tài liệu trình bày trước Đại Hội Ra Mắt Văn Phòng Đại Diện

Sau 1975, đời sống xã hội còn nhiều biến động của thời kỳ hậu chiến, việc hành đạo của đạo hữu cũng chịu ảnh hưởng khó khăn của tình hình chung, tuy Hội Thánh Trung Ương Trung Việt Tam Quan phải đóng cửa nhưng các Thánh thất của Hội Thánh Tam Quan vẫn cố gắng duy trì các hoạt động đạo sự theo tinh thần đạo đức thuần chơn.

Vào đầu năm 2000 sau khi được chánh quyền cấp pháp nhân hành đạo với tên mới là Cao Đài Cầu Kho Tam Quan, Hội Thánh đã tiếp nhận Thánh thất Tân Định chánh thức hòa nhập về.

Việc đầu tiên của Hội Thánh thực hiện là xin xuất bản quyển Tam Thừa Chơn Giáo đầy đủ cả ba phần Tiểu Thừa, Trung Thừa và Thượng Thừa Được Ơn Trên giáng đàn ban cho, dạy về Tâm Pháp cũng được bổ sung thêm, trong 2 năm 1973-1974. . Tiếp theo sau, cơ sở thờ tự của Hội Thánh tại Bình Định cũng được xây dựng lại khang trang thích hợp với thời kỳ bước vào giai đoạn phát triển ổn định.

Từ khi có những cuộc liên giao chánh thức giữa các Hội Thánh Cao Đài được sự chấp thuận và hỗ trợ của chánh quyền các cấp, Hội Thánh Cao Đài Cầu Kho Tam Quan đã sớm cùng hiện diện và bắt nhịp chung tay thực hiện các đạo sự như: liên giao các Hội Thánh nhân ngày sinh nhật Đức Giáo Tông Nguyễn Ngọc Tương ở Bến Tre và tham gia Cứu Trợ Đồng Bào bị thiên tai sau bão số 9 và số 11 ở miền Trung vào cuối năm 2009.

Rằm tháng ba Canh Dần năm nay, Hội Thánh Cầu Kho Tam Quan tổ chức Đại Hội Nhơn Sanh nhân dịp tròn 50 năm chánh thức hiện diện hoạt động phổ độ nhơn sanh trong đại gia đình họ Cao và trong lòng dân tộc. Hy vọng kết quả của Đại Hội sẽ vạch rõ hướng đi lên, đầu tư trọng điểm phát triển nhân sự đức tài hầu góp phần hiệu quả hơn nữa cho sứ mạng của Đại Đạo trước vận hội của dân tộc và đất nước trên bước đường hội nhập toàn cầu cùng nhân loại.