Nguyên Thái Lão Sư Lê Đạo Long, tên tục là Lê Văn Tiểng (sanh ngày 23 tháng 10 năm Quý Mão-1843-tại làng Long An, Chợ Lớn), con của ông Lê Phước Nghệ và bà Nguyễn Thị Nguyện. Ngài ham thích tu hành, được Đức Di Minh Tử Ngô Đạo Chánh truyền thừa mối Đạo Minh Đường năm 1876 (năm Ngài 34 tuổi). Từ đó, Ngài chuyên tâm tu luyện, đến phẩm cuối Thái Lão Sư đạo hiệu là Lê Đạo Long. Do muốn độ nhân sanh vào đường đạo đức, Ngài Lê Đạo Long dùng phương tiện riêng xây dựng nên ngôi Vĩnh Nguyên Tự. Tại đây, Ngài dạy Đạo cho nhiều môn đệ. Tu đến phẩm bậc Thái Lão Sư có các vị: Trần Đạo Minh, Nguyễn Chánh Sắc, Nguyễn Đạo Chí, Nguyễn Đạo Cần...

Trước ngày quy Thiên, Thái Lão Sư Lê Đạo Long cho vời các con cháu và môn đệ tựu về đầy đủ, có mặt chủ quận Cần Giuộc là Tri phủ Huỳnh Khắc Thuận. Sau khi dạy lời di chúc, ký thác mọi việc, Ngài tắm gội tinh khiết, làm lễ Thiêng liêng. Đến 7 giờ ngày 3-12-Quý Sửu (1913), Ngài ngồi chánh tọa, các môn đệ quì lạy đưa tiễn Ngài đăng Tiên tại Phật đường Vĩnh Nguyên Tự. Lúc sanh tiền, Ngài có tiên tri rằng: "Nơi đây là Thập Nhị Khai Thiên của Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ hoằng khai chánh pháp chơn truyền sau này". Trích tiểu sử của Ngài trong quyển Đạo Nguyên Chánh Nghĩa (Vĩnh Nguyên Tự xuất bản năm 1939). Tương truyền, lời tiên tri này để trong một ống tre. Sau, các môn đồ mở ra biết được

Tiếp nối đạo nghiệp của thân phụ, Ngài Lê Văn Lịch trụ trì Vĩnh Nguyên Tự lúc ấy đang tu đến bậc Dẫn Ân (Nhị thừa). Ngày 4-3-1926, chư Tiền Khai Đại Đạo được lệnh đến lập đàn cơ tại Vĩnh Nguyên. Dịp này, Ngài Lê Đạo Long về đàn nhắc lại lời tiên tri xưa, đồng thời cho biết Ngài đã đắc vị Như Ý Đạo Thoàn Chơn Nhơn. Ngài khuyên bổn đạo tại Vĩnh Nguyên quy nhập Cao Đài.

Tuân lời dạy trên, học trò lớn của Đức Như Ý là Thái Lão Sư Trần Đạo Minh cùng Ngài Lê Văn Lịch quy hiệp Cao Đài. Ngài Lê Văn Lịch thọ Thiên phong Đầu Sư phái Ngọc (Ngọc Lịch Nguyệt) và Ngài Trần Đạo Minh thọ Thiên phong Ngọc Chưởng Pháp.

Từ đó Vĩnh Nguyên Tự trở nên một trong những cơ sở đầu tiên của Đạo Cao Đài.

Đức Đông Phương Chưởng Quản có lời Thánh huấn ngày 20 tháng 2 Quý Sửu (1973) như sau:

"Ngô Văn Chiêu đã kiến nhận và tiếp lãnh dấu hiệu Thiên Nhãn. Nói về lý số, Thiên Nhãn là con số Một tượng trưng cho Ngôi Thái Cực. Kế đến, lập thành Lưỡng Nghi nơi Vĩnh Nguyên Tự. Đó là nhật nguyệt âm dương. Từ Thái Cực biến Lưỡng Nghi trở thành cái pháp sanh hóa muôn loài vạn vật, cái pháp ấy Hộ Pháp đã tượng trưng..."

Từ khi quy hiệp về Cao Đài, nơi đây tiếp nhận nhiều Thánh giáo quan trọng làm căn bản cho cơ Đạo buổi đầu, như:

- Ơn Trên dạy Ngài Đầu Sư Ngọc Lịch Nguyệt chọn kinh nhựt tụng cho Cao Đài. Ngài dựa theo kinh Minh Sư, soạn lại thành bài Ngọc Hoàng Kinh và ba bài kinh xưng tụng Tam Giáo Đạo Tổ.

- Dạy pháp môn tu thiền bước đầu cho chư vị Tiền khai Đại Đạo (quý ngài : Lê Văn Trung, Cao Quỳnh Cư, Phạm Công Tắc, Nguyễn Ngọc Thơ...).

- Hướng dẫn soạn thảo Tân Luật.

- Thiên phong một số chức sắc Tiền Khai và ban Tịch đạo Nam phái.

Thánh giáo ngày 25-5-Kỷ Dậu (1969), Ơn Trên cho lệnh tái thiết Vĩnh Nguyên Tự (hướng mặt tiền ngược lại). Vĩnh Nguyên Tự tái khánh thành ngày 13-3-Quý Sửu (1973). Hằng năm, vào ngày này, Vĩnh Nguyên Tự thiết lễ kỷ niệm. Hai ngày kỷ niệm hàng năm khác là: 2 tháng 9: Kỷ niệm Đức Ngọc Lịch Nguyệt và 3 tháng 12: Kỷ niệm Đức Như Ý Đạo Thoàn Chơn Nhơn.

Từ Minh Đường hiệp về với Cao Đài, Vĩnh Nguyên Tự vẫn giữ tên chùa xưa, với ý nghĩa như lời Đức Như Ý giáng đàn giải thích:

" Vĩnh là vĩnh cửu bất biến,
Nguyên là nguyên bổn  hằng hữu hằng thường.

Chỉ có cái nguyên bổn mới hằng hữu hằng thường bất di bất biến. Vạn hữu do từ hằng hữu mà sanh. Vô thường do từ hằng thường mà có...." (Rằm tháng 3 Giáp Dần - 1974) Bộ Phận Hiệp Thiên Đài CQPTGL / CĐGVN)